Michael Fassbender đã sống tại khu Hackney, London từ 15 năm nay. Cha mẹ anh vẫn ở Ireland còn chị anh, Catherine Fassbender, một chuyên gia trong ngành tâm lý học thần kinh thì đang sống ở Mỹ. Anh có những tình cảm sâu sắc với Hackney cũng như với nền văn hóa bản địa Ireland, vì vậy anh chưa có ý định chuyển tới Hollywood, dù các dự án phim khiến anh phải liên tục di chuyển giữa London và Los Angeles, California.

Fassbender là người hâm mộ môn đua xe công thức 1. Anh thường có mặt tại nhiều giải đua và trong chương trình Top Gear anh đã nói rằng mình là một fan của Michael Schumacher. Hiện nay anh là một tay đua chính thức của đội Scuderia Ferrari, đã tham gia nhiều giải đua và có một số chiến thắng.

Fassbender từng có mối quan hệ với bạn diễn trong X-Men: First Class, Zoë Kravitz. Năm 2012, anh hẹn hò với nữ diễn viên người Mỹ Nicole Beharie, bạn diễn trong phim Shame, họ chia tay năm 2013. Sau đó anh hẹn hò với nữ diễn viên Thụy Điển Alicia Vikander, bạn diễn trong The Light Between Oceans. Ngày 14 tháng 10 năm 2017, anh chính thức kết hôn với nữ diễn viên Alicia Vikander.